В ситуации 1 метод моделирования позволяет порой создать модель целого объекта. Но здесь таится опасность неточного воссоздания. Например, части впервые обнаруженного и совсем неизученного древнего животного позволяют создать довольно широкий класс гипотез о строении, форме, функциях и признаках интересующего науку, но не данного, не существующего ныне объекта. При этом недостаток информации заменяется порой неожиданными и случайными ассоциациями, весьма далекими от реальности, что открывает дорогу для заблуждений или научных фальсификаций. В случае, если частей представлено достаточное количество и они позволяют с большой вероятностью однозначно судить об объекте, метод моделирования может нести существенно новые знания.
С наилучшей стороны метод моделирования зарекомендовал себя в случае 2, когда исследователь имеет дело лишь с явлениями, следствиями и функциями объекта. Создавая модель, адекватную объекту, исследователь получает возможность проникнуть в сущность познаваемых проблем, познать объект всесторонне.
Применение метода моделирования для ситуаций 3, связанных с теоретическими изысканиями, зачастую спорно, хотя спор этот носит скорее терминологический, нежели принципиальный характер. Логические теории, схемы и исчисления, оказавшиеся столь работоспособными во многих областях естествознания, часто называют знаковыми, или математическими, моделями. Представляется, что такое использование термина «модель» является излишне расширительным. Нельзя согласиться с тем, что искусственный язык, знаки являются моделями. При таком подходе, когда любое замещение объекта воспринимается как модель, теряется специфика моделирования.
