Гносеологический анализ причин возникновения классификационной проблемы показывает, что она возникает в ситуации, когда наука, имеющая сильные эмпирические традиции, начинает ориентироваться на образцы продуктов, получаемых развитыми теоретическими дисциплинами. Примером такой ориентации является характерная для современного естествознания установка на построение генетических классификаций, которые могут быть получены лишь на базе теоретического моделирования генезиса изучаемых явлений. Однако часто задачу построения генетической классификации пытаются решать путем эмпирического классифицирования объектов исследования, что неизбежно приводит к серьезным затруднениям.
Возникновение классификационной проблемы является свидетельством напряженной работы научной рефлексии по осмыслению создавшейся ситуации, по поиску причин неблагополучия классификационного дела. Сам факт ее существования говорит о наличии каких-то рассогласований в механизмах нормального функционирования и развития ряда наук. Действие рефлексивного механизма теоретизации, представленного постановкой и обсуждением классификационной проблемы, осуществляется за счет привлечения внимания ученых к рефлексивному анализу классификационной процедуры, что стимулирует развитие их методологической деятельности как в направлении методического совершенствования классификационной работы, так и в направлении ее углубленного методологического, гносеологического и мировоззренческого анализа.
